Las selvas tropicales son el hogar de una gran diversidad de reptiles (serpientes, lagartijas, tortugas, cocodrilos y caimanes) y anfibios (ranas, sapos, salamandras, tritones y cecilias). Estos están prácticamente en todos los hábitats de la selva tropical, desde el dosel hasta los riachuelos y arroyos, e incluso dentro del suelo. De forma colectiva, los reptiles y anfibios se denominan herpetofauna.
Desafortunadamente, muchas especies de herpetofauna están amenazadas por la pérdida de hábitat, el comercio ilegal de mascotas y por cambios ambientales. Muchos anfibios se encuentran amenazados por una enfermedad llamada quitri-diomicosis, que se está expandiendo por todo el planeta. Esta enfermedad es causada por un hongo y ha causado la extinción de cerca de 200 especies de ranas y sapos en los últimos 30 años. Los científicos todavía no han logrado identificar cómo se puede controlar esta enfermedad cuando afecta a poblaciones silvestres. Medidas de emergencia están siendo implementadas para algunas especies en peligro, muchas de las cuales se mantienen en zoológicos, acuarios y jardines botánicos hasta que se logre encontrar una cura.